Ликвидация автономного учреждения происходит по правилам Гражданского кодекса РФ и Федерального закона от 3 ноября 2006 г. N 174-ФЗ «Об автономных учреждениях».
О требованиях к ликвидации юридического лица, которые предъявляет Гражданский кодекс, можно прочитать в главе «Ликвидация компании».
Особенность ликвидации автономного учреждения заключается в том, что требования кредиторов ликвидируемой компании удовлетворяются за счет имущества, на которое в соответствии с Федеральным законом «Об автономных учреждениях» может быть обращено взыскание. В его перечень входит любое имущество, кроме недвижимого и особо ценного, которое закреплено за учреждением его учредителем или приобретено на средства, выделенные учредителем на эти цели.
Имущество автономного учреждения, оставшееся после удовлетворения требований кредиторов, а также имущество, на которое в соответствии с федеральными законами не может быть обращено взыскание по обязательствам автономного учреждения, передается ликвидационной комиссией учредителю автономного учреждения.